全网疾病单细胞数据库汇总
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单细胞测序技术，作为近十年最伟大的科学技术之一，已经在多个科研领域产生了深远影响。它解决了bulk测序无法解决的单一细胞尺度上的机制研究，成为现象级研究手段。这种适应性广、功能多样的测序技术在肿瘤抑制性、免疫细胞和神经系统复杂性研究上具有突出优势。随着单细胞测序数据的快速增长，基于单细胞测序的生信分析工具也迅速发展。本文将分享截止至2022年初的所有非肿瘤单细胞数据库。
非肿瘤单细胞数据库主要分为三种类型：大型综合数据库、疾病特异性数据库和单细胞功能分析数据库。
一、大型综合数据库
1. Human cell atlas（HCA）：人类细胞图谱计划，收录了大量人类正常组织的数据。
网址：data.humancellatlas.org...
2. SCXA：收录了各种疾病类型的单细胞数据，持续更新。
网址：ebi.ac.uk/gxa/sc/home
3. Single Cell Portal：收录了1800万+的单细胞数据库，持续更新。
网址：singlecell.broadinstitute.org...
4. SCPortalen：收录了大量的单细胞测序数据。
网址：single-cell.clst.riken.jp...
5. scRNASeqDB：收集了人类单细胞测序数据。
网址: bioinfo.uth.edu/scrnase...
6. Tabula Muris：小鼠的单细胞转录组数据库。
网址：tabula-muris.ds.czbiohub.org...
7. SpatialDB：专门存放单细胞空间转录组数据的数据库。
网址：spatialomics.org/Spatia...
8. MCA：小鼠单细胞图谱数据库。
网址：bis.zju.edu.cn/MCA/
9. PlantscRNAd：植物单细胞数据库。
网址：ibi.zju.edu.cn/plantscr...
二、疾病特异性数据库
1. SC2disease：主要用于各类疾病分析。
网址：easybioai.com/sc2diseas...
2. BloodSpot：健康和血液病单细胞转录组数据库。
网址：servers.binf.ku.dk/bloo...
3. KIT：肾脏单细胞数据库。
网址：humphreyslab.com/Single...
4. VascularSingleCell：血管单细胞数据库。
网址：betsholtzlab.org/Vascul...
5. iSyTE：专注于研究眼睛发育的单细胞数据库。
网址：research.bioinformatics.udel.edu...
6. DBTMEE：研究眼睛小鼠早期胚胎发育的单细胞数据库。
网址：dbtmee.hgc.jp/
7. CeDR Atlas：基于文献的细胞类型特异性药物反应分析数据库。
网址：ngdc.cncb.ac.cn/cedr
8. Jingle Bells：收集了免疫和非免疫相关数据的数据库。
网址：jinglebells.bgu.ac.il/1.
9. Aging Atlas：衰老研究单细胞数据库。
网址：ngdc.cncb.ac.cn/aging/i...
10. Gut Cell Atlas：肠道组织的单细胞测序数据库。
网址：gutcellatlas.org/
11. StemMapper：干细胞发育研究单细胞数据库。
网址：stemmapper.sysbiolab.eu...
12. stemformatics：干细胞单细胞数据库。
网址：stemformatics.org/expre...
三、单细胞功能分析数据库
1. HCL：人类50种组织的超过70万个细胞的数据库。
网址：db.cngb.org/HCL/
2. Cell Blast：scRNA-seq数据检索/注释工具。
网址：cblast.gao-lab.org/
3. PanglaoDB：整合了小鼠和人类scRNA-seq数据的数据库。
网址：panglaodb.se/index.html
4. CellMarker：包含大量Marker基因的数据库。
网址：bio-bigdata.hrbmu.edu.cn...
5. scQuery：对比分析不同研究的单细胞转录组数据。
网址：scquery.cs.cmu.edu/
6. SCDevDB：单细胞深度组学数据库。
网址：scdevdb.deepomics.org/
7. LnCeCell：收集了与癌症相关的scRNA-seq数据集。
网址：bio-bigdata.net/LnCeCel...
8. ColorCells：展示各种组织和细胞类型在人类和老鼠的数据库。
网址：rna.sysu.edu.cn/colorce...
9. Virtual Cytometry：免疫细胞分化研究计算平台。
网址：grnpedia.org/cytometry/
10. SPICA：研究病毒感染和肿瘤小鼠模型的单细胞数据库。
网址：spica.epfl.ch/projects
11. GRNdb：转录因子及其下游靶基因形成的基因网络数据库。
网址：grndb.com/
12. SciBet：预测任意随机测序细胞身份的计算工具。
网址：scibet.cancer-pku.cn/in...
13. CellPhoneDB：细胞间通讯网络研究工具。
网址：cellphonedb.org/
14. scMetabolism：收集了KEGG,Reactom中的基因集。
网址：cancerdiversity.asia/sc...
15. signatureDB: B cell数据库。
网址：lymphochip.nih.gov/sign...
总结
这是截止至目前，最全面的非肿瘤单细胞数据总结。希望本文能帮助大家更好地利用这些数据库资源。
常见非肿瘤疾病具体单细胞数据集可关注生信人公众号获取。
