南京登记结婚的新人可以在两个平台共三个入口申请。
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拓展阅读：正在办理户口迁移手续的当事人如何办理结婚登记
根据《民政部关于执行＜婚姻登记条例＞若干问题的意见》（民函【2004】76号）规定，“当事人未办理落户手续的，户口迁出地或另一方当事人户口所在地的婚姻登记机关可凭公安部门或有关户籍管理机构出具的证明材料办理婚姻登记”。
因此，正在办理户口迁移手续的当事人可以到户口迁出地或者另一方当事人户口所在地办理婚姻登记。