法律分析：医疗事故补偿金和赔偿金之间的区别如下：1、性质不同：补偿金的性质是补充，赔偿金的性质是惩罚；2、金额不同：补偿金的金额较少，赔偿金的金额较多；3、依据不同：补偿金没有法律上的责任，赔偿金是因为需要承担法律上的责任而赔偿的，医疗机构和医护人员需要进行赔偿。
法律依据：《医疗事故处理条例》
第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十七条 双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。