(1)、犯罪主体不同。窝藏、包庇罪的主体是一般主体、而伪证罪是特殊主体，只能是刑事诉讼中的证人、鉴定人、记录人、翻译人。(2)、犯罪的时间不同。窝藏、包庇罪的实施可以在犯罪分子被采取强制措施之前，也可以在其被逮捕、关押又逃脱之后、而伪证罪的实施则只能是发生在判决之前的侦查、起诉和审理阶段。(3)、犯罪客观方面的内容不同。窝藏、包庇罪一般表现为为犯罪的人提供隐藏处所、财物或者帮助其逃若、而伪证罪则表现为对与案件有重要关系的情节作虚假的证明、鉴定、记录、翻译。(4)、犯罪对象不同。窝藏、包庇罪的对象可以是未经逮捕、判刑的犯罪人，也可以是已经判决的犯罪人、而伪证罪的对象则只能是刑事诉讼中的犯罪嫌疑人、被告人、即可以是有罪的人，也可以是被怀疑有罪而实际无罪的人。
(5)、犯罪的目的不完全相同。窝藏、包庇罪的目的是使犯罪人逃避刑事制裁、伪证罪的目的则既可以是陷害他人使他人受到错误的刑事追究，也可以是隐若罪证使犯罪人逃避刑事责任。
法律依据:
《中华人民共和国刑法》
第三百零五条 在刑事诉讼中，证人、鉴定人、记录人、翻译人对与案件有重要关系的情节，故意作虚假证明、鉴定、记录、翻译，意图陷害他人或者隐匿罪证的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
第三百一十条 明知是犯罪的人而为其提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿或者作假证明包庇的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑。