对招标提出质疑后相应的处理方式如下：
1、投标人异议和质疑的处理
根据《中华人民共和国招标投标法》第9条规定，招标项目按照国家有关规定需要履行项目审批手续的，应当先履行审批手续，取得批准。招标人应当有进行招标项目的相应资金或者资金来源已经落实，并应当在招标文件中如实载明。
①招标人接到投标人异议和质疑后，应该首先履行接收手续，向投标人书面出具接收证明，或在投标人提供的回执上签字确认。
②大多数异议和质疑都是由于投标人不了解全面情况或对一些问题发生误解造成的，招标人应当主动、耐心地向投标人澄清、说明，消除投标人误解。
③如果投标人对招标文件和招标过程提出异议和质疑的问题确实存在，应采取措施予以纠正，并答复投标人；如经核实上述问题损害了投标人的利益、并违反法律法规或招标文件的规定，但招标人已经无法纠正的，招标人应主动向行政监督部门报告情况。
④投标人对评标结果提出的异议和质疑，招标人可以请评标委员会提出答复意见，然后根据评标委员会提出的答复意见答复投标人。属于评标委员会的评标错误，评标委员会应纠正错误，并出具评标委员会意见；如果纠正错误导致改变中标结果，招标人应公示改变后的中标结果。如果行政监督部门对招标项目的中标结果实行备案或审批管理，招标人还应将评标委员会意见报行政监督部门备案或审批，然后再答复投标人，并公示纠正的中标结果。
⑤给投标人的答复应使用书面形式并在合理的时间内作出。政府采购项目的质疑答复应在收到质疑之日起7个工作日内作出。
2、投诉的处理
行政监督部门负责招标投标的投诉处理。
招标人配合行政监督部门处理投诉时，应该注意以下几点：
①应该以理解的态度正确对待投标人的投诉。
②招标人应当认真研究投标人的投诉事项，配合调查。
③如果行政监督部门要求招标人在处理投诉期间暂停签订合同的，招标人应暂停与拟中标人的合同洽商。若合同已签订，应暂停执行，等待处理结果。
④招标人应如实提交处理投诉所需的所有招标投标的相关资料并报告有关情况。
⑤处理投诉过程中，招标人及其招标代理机构可以主动与投诉人联系，澄清、说明事实，沟通认识，消除误解。
⑥招标人及其招标代理机构对投诉处理决定无异议，应执行处理决定；有异议的，有权提出行政复议或行政诉讼。
一、施工招标可以通过什么方式进行
1)公开招标。公开招标又称无限竞争性招标，招标中投标单位的数量不受限制，凡符合规定条件的承包商都可自愿参加投标。公开招标使招标单位(业主)有较大的选择范围，可在众多的投标单位之间选择报价较低(或工期较短)、信誉较好的承包商。这种方式更有利于开展全面竞争，打破垄断和地方保护主义，能促使承包商努力提高工作质量、缩短工期和降低造价。但这种招标方式使得业主(或招标单位)的工作量较大，招标费用增多；同时由于投标单位较多，投标的社会成本增大，投标单位资格上参差不齐(有些单位经验丰富，但财务实力差；有些单位财务实力强，但技术力量不够)，又会加大评标难度。另外，公开招标由于投标单位数量较多，更容量产生低价抢标的现象，影响建筑市场的公平竞争。
2)邀请招标。邀请招标又称有限竞争性招标。招标中投标单位的数量要受到限制，通常为5~8家，最多不超过10家单位。招标前，业主事先对投标单位进行资格预审，在此基础上建立投标单位候选人名册，招标中分别根据各标段的特点有选择地邀请几家承包单位参加投标。被邀请的投标单位通常是业绩、施工技术力量、财务状况等方面处于同一水平的单位，而且都能胜任工程施工，因此，业主评标中要看投标单位的报价(类比价)是否具有竞争力。这种招标方式不仅满足了公平竞争的要求，降低了招标费用和投标的社会费用，而且大大减少了评标的难度，增加了评标的客观公正性。这种招标方式在国际招标中很流行。
另有一种邀请招标称为排他性招标。被邀请的投标单位不是经过公开资格预审后选择的，而是为了排斥某些单位、地区保护、工程性质特殊(只有少数单位胜任)或工程保密等考虑而由业主确定的。这种方式限制了自由竞争，违反了机会均等原则，不利于建立统一、开放、竞争有序的建筑市场。
3)议标。是指不通过公开招标或邀请招标，而由建设单位或其代理人直接邀请某一承包商进行协商，达成协议后将工程任务委托其完成的招标方式。如果第一家协商不成，可另外邀请一家，直到达成协议为止。这种方式只有在工程性质特殊、内容复杂、工期紧、规模小的工程中采用。