中国农业科技导报,2015,17(2):41-48 Journal of Agricultural Science and Technology 水稻yll黄叶突变体的基因克隆与功能分析 王丹霞, 权瑞党 , 黄荣峰 (中国农业科学院生物技术研究所,北京100081) 摘要:叶片是植物进行光合作用的重要器官,是作物产量形成的基础。作物叶色突变体不仅是研究叶绿体 发育机制、培育高光效新种质的前提,而且可以作为性状标记,应用于良种繁育及杂交育种。在经化学诱变 剂甲基磺酸乙酯(EMS)处理的粳稻品种Kitaake突变体库中,筛选得到黄叶突变体yll,yll突变体的株高、穗 粒数、千粒重与野生型相比均降低。遗传分析表明, J黄叶表型由单隐型基因控制,图位克隆表明 J编码 叶绿素酸酯a氧化酶(ehlorophyllide a oxygenase,OsCAO1,LOC—Osl0g41780)基因发生点突变;ylJ突变体 OsCAO1突变位点位于催化功能域,没有改变其在叶绿体中的定位,且在不同物种之间高度保守,这表明该位 点可能是OsCAO1的酶活关键氨基酸位点。 关键词:水稻;黄叶突变体;叶绿素酸酯a氧化酶;基因克隆;功能 doi:10.13304/j.nykjdb.2014.683 中图分类号:Q78 文献标识码:A 文章编号:1008-0864(2015)02—0041-08 Map-based Cloning and Function Analysis of Rice Yellow Leaf Mutant yll WANG Dan-xia,QUAN Rui-dang ,HUANG Rong—feng (Bioteehnology Rescarch Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100081,China) Abstract: af,all crucial organ for photosynthesis,provides the basis of crop yield formation.In addition to a trait marker in breedings,leaf color mutants in crops are one of the prerequisites for investigation in chloroplast development and cultivation of new germplasms with higher photosynthetic efifciency.A yellow leaf mutant(ylJ)were selected from a pool of Japonica rice Kitaake mutagenized with ethyl methanesulfonate(EMS).The ylJ mutant showed lower plant height,less grain number and less 1 000一rgain weihgt compared with wild type.Genetic analysis showed that yellow leaf phenotype in yl mutant was caused by a single recessive gene.Map—based cloning demonstrated that the coding region of OsCA01(LOC—Osl0g41780),encoding chlorophyllide a oxygenase,had a G to A point mutation site(Glycine 396 to Arginine in amino acid sequence)in ylJ.Sequence analysis and GFP experiment indicated the mutation site G396R of CA01 in yll is in catalytic domain,and made no change in CAO1 location in chloroplast.Therefore,G396 might be the key point for OsCA01 enzyme activity as G396 was highly conserved in different species. Key words:dee;yellow—green leaf mutant;CAO1;gene cloning;function 叶片是植物进行光合作用的重要器官,是作 光育种等应用于良种繁育及杂交育种 J。 物产量形成的基础。通过对叶色突变体的挖掘和 叶色变异主要分为黄花、白花、条纹、亮绿、浅 研究可以探究植物生理生化的分子机理¨’引。某 绿等,导致叶色变异的原因主要有两个方面:叶绿 些叶色变异可以影响植物内源激素的含量,因此 素合成受阻以及叶绿体发育受阻。叶绿素合成过 通过叶色突变体可以探究植物激素的合成途 程从谷氨酰-tRNA开始到叶绿素b结束共由20 径 。另外,叶色变异可以作为性状标记 J,高 多个基因编码的15种酶催化而成,在拟南芥中均 收稿日期:2014—11—25;接受日期:2014—12—24 .基金项目:国家自然科学基金项目(3112025)资助。 作者简介:王丹霞,硕士研究生,研究方向为水稻叶色基因克隆与功能研究。E—mail:danxiawangl011@163.con。 通信作者:权瑞 党,副研究员,博士,主要从事植物分子生物学研究。E—mail:quanruidang@caas.ca 42 中国农业科技导报 17卷 已被克隆。而水稻中也克隆出来了部分叶绿素合 成的基因,如:OsDVR 、OsCHLH 、OsCHLD、 OsCHLI J、OsYL1[ ]OsCA01[ 等编码的蛋白质均 为催化叶绿素合成过程中的酶,其中任何基因发 生突变都将影响叶绿素的合成,导致叶色变异。 叶绿体由前质体发育而来,由叶绿体外被、类囊体 和基质构成,光照条件下,叶绿体基因及核基因可 诱导前质体发育为叶绿体。当这些基因突变后, 影响叶绿体正常发育,导致叶色变异,水稻中已经 报道的与叶绿体发育相关的基因主要有: OsVYLl2]OsYLC[1o]、、OsCHR4l1 等。此外,类胡萝 卜素、花青素、血红素及番茄红素的代谢途径相关 基因的突变都将导致叶色变异 。 虽然水稻中已经克隆了许多叶色相关的基 因,但是对于深入探究叶绿素合成途径的机理,叶 绿体的发育及相关蛋白质的转运机制还比较欠 缺,因此需要克隆出更多的叶色突变体基因。本 研究从EMS诱变获得的水稻突变体库中筛选到 一份黄叶突变体 J,该突变体在整个生育期均表 现为叶片黄绿色、植株矮小。对该突变体进行农 艺性状统计,叶绿素含量的测定以及叶绿体结构 的电镜观察,并通过图位克隆及精细定位等方法 确定了突变基因,为进一步研究水稻叶绿素合成 的机理奠定了基础。 1材料与方法 1.1供试材料 Kitaake突变体库由本实验室创建,黄叶突变 体yll由本实验室筛选并保存。籼稻品种Dular 用于F:分离群体构建,由本实验室保存。 1.2主要农艺性状统计及分析 水稻成熟期,分别随机取Kitaake野生型,yll 突变体植株各10株测量株高及主穗粒数。种子 成熟后,分别称取Kitaake野生型和yll突变体 1 000粒种子称重,统计千粒重。 1.3光合色素含量及光合速率参数的测定 叶绿素含量参照Porra方法 进行测定。选 取生长20 d左右的幼苗,分别准确称取3份 0.1 g,剪碎浸泡在80%丙酮中研磨,定容至 10 mL,用紫外分光光度计(SPEKOL 1300,德国) 测定663.6 nm、750 nm和646.6 nm波长的吸光 值,按照以下公式计算叶绿素含量。 Chla(LLg/mE)=12.25 E 。___一2.55 E Chl b( g/mL)=20.31 E ~一4.91 E Chl(a+b)(Ixg/mL)=17.76 E646.6+7.34 E鲫 由LI-6400XT(LI—COR,Inc)便携式光合仪分 别测定Kitaake野生型及 J突变体一个月龄苗 叶片的净光合速率photo、气孔导度、胞间CO 浓 度和蒸腾速率,参数设定为气室CO 浓度 400 ̄mol/mol,光强800 txmol/m ・s,温度30℃。 每个样品测定4个重复。 1.4叶绿体超微结构观察 分别选取Kitaake野生型 突变体半月龄 幼苗叶片,切成1 mm×2 mm小块,在0.2 mol/L 磷酸缓冲液配成的2.5%戊二醛溶液中4 ̄C固定 4 h,1%的0sO 在4 ̄C条件下漂洗并孵育过夜,梯 度乙醇溶液逐级脱水、包埋,最后用醋酸铀染色, 在JEOL JEM一1230透射电子显微镜(日本)下观 察照相。 1.5 F:群体构建与基因定位 以yll突变体为母本、Dular为父本杂交得到 F 群体,自交得到F 定位群体。选取F 群体中黄 叶表型单株204株进行图位克隆。用CTAB法提 取水稻基因组DNA,采用群组分离分析法(bulk segregant analysis,BSA)进行初定位。利用Inde1 分子标记筛选亲本之间的多态性,随机选取F:群 体中突变型单株10株,构建突变混池。通过突变 混合池分析可能与目的基因所在染色体连锁的分 子标记,确定突变基因所在染色体范围。根据网 站(http://flee.plantbiology.msu.edu/)所公布的水 稻品种测序结果得到InDe1分子标记,设计分子 标记引物,通过F:群体中黄叶表型的单株进行精 细定位。PCR反应体系为15 IxL:2×Taq Mix 7.5 L,模板DNA 1 L,正反引物(表1)3 L, ddH2O 3.5/xL。PCR产物以4%的琼脂糖凝胶电 泳分离,经凝胶扫描成像仪分析结果。由以下公 式计算交换率: 交换率=(单交换+双交换x2)/(突变型单株 总数x2)×100% 通过交换率确定目标基因所在的区域。根据 网站(http://rice.plantbiology.ITI¥U.edu/)和(http:// rapdb.dna.afire.go.jp/)上水稻基因的注释选取候选 基因,设计引物测序(表2),确定候选突变基因。 2期 王丹霞等:水稻yf 黄叶突变体的基因克隆与功能分析 43 M2622 5 一CGCGGGATCATACAAAGGCTAGG一3 5 一CCACCCGTCTCATGTTCTACTCG.3 5 一GACATGAGCCGTGTCATC ITCG一3 5 一GTCCTGCTGGAGCTrGTI’I’G一3 5 一ACCGAACGGGTTCGACTCAGC一3 M2840 M2642 M2654 5 一ATGGAGATGATACACTCGCATCG一3 5 .TCGACCTGGAGCATAGCTAGTCG一3 5 一CCCCCAATATCTrGACGTGT.3 M2672 5 .TG ITrATTCATGGATGCGGA。3 5 一AAGACTrGGATCTrGCGGTG一3 Osl0g41760-1 OslG g41760—2 Osl0g41760-3 OslOlg41760-4 5 .TGTGA IfrCGA rrCArITCT.3 5 一TGGAGGAGGGCAAGCAGATAT一3 5 一CTATrGGTACCTGAGAACACAC.3 5 .ACAAC ITCAACCTCGAGCACTA.3 5 .CATCATGCTGATGCTATATI1C.3 5 一GTGTCTGGTCCAGTGCAGCCATAC一3 5 .ATAATCCCTACAGTAATGCA.3 5 一ACCCAGGTITGGCCCGTGACTA一3 5 .G ITAACCTATGTCAGTCATCCG.3 5 .TGGCAAAGGTGGATG IIATGAGT一3 5 .GTATGATCATA IIATATGCATC一3 5 一CTCCATCTCATCTCA ITACAGTI’I'G一3 OslOg41780—1 Osl00g41780—2 Osl0g41780・3 OslGlg41780—4 5 一CAGAAAA ITCAGCCGAGATCGC一3 5 一GAGGTGGTCCGGTTCGATATCC一3 5 一ATCATGTCATGCTGCAGCAACCA-3 5 一GTCCATCTCATGTCATrACAGTITrG.3 1.6突变基因生物信息学分析 1-8 CAO1亚细胞定位 通过生物信息学网站NCBI(http://www. ncbi.nlm.nih.gov/)获得OsCAO1及同源基因的氨 基酸序列,用DNAMAN软件分析其氨基酸序列的 相似性,用MEGA5.05软件进行系统进化树的 分析。 1.7 Rea1.Time PCR 采用常规分子克隆方法分别构建CA01及 CAOlm编码区与GFP编码区(载体为pCM1205) 的融合载体,所用引物为:CAO1GFP—F(5 一ACTA- GTATGACCACTGTGGCATCGCTG-3 ),CAO1GFP- R(5 .TcTAcATGATccAcTcTcAcT_ITG.3 )。 参 照Yoo等 刮方法提取水稻原生质体,通过PEG 介导法将纯化后CAO1一GFP和CAO1m—GFP质粒 分别取Kitaake野生型抽穗期的根、茎、叶、叶 鞘和穗不同组织的材料,由TRIzol试剂盒(天根 生化有限公司)提取RNA,并反转录为cDNA,通 过iQ5 Multicolor Real—Time PCR Detection System 荧光定量PCR分析OsCAO1及OsCA02的组织表 转化水稻原生质体,28 ̄C黑暗培养16 h,通过 ZEISS LSM 700激光共聚焦显微镜观察GFP荧光 的亚细胞定位并照相。 2结果与分析 2.1体表型及主要农艺性状 达特异性,反应程序:95℃,10 min;95 ̄C,15 S; 58℃,30 S;72℃,20 S,45个循环。所用的引物为 OsCAO1(5’-rI10GCCAGAACTAGTCAGTClGArI'G-3’), OsCAO I R f 5’-CCTTCCATI1AGCCrITITCCTCTCC一 以甲基磺酸乙酯处理粳稻品种Kitaake种子, 3’),OsCAO2F(5’一CCCTGGCTCAAGCACATC- CCTITC-3’),OsCAO2R(5’-CATITATCATCCGC— TCTYGCTGCC一3’)。 获得M 突变体库,将此M 突变体库繁种一代,得 到M 突变体库,在M 突变体库中筛选叶色变异 突变体,获得一份黄叶突变体 ,整个生育期表 现为黄叶。 48 中国农业科技导报 17卷 步研究需要采用生化方法分析该点突变是否影响 OsCA01的催化活性,从而更好的解释OsCAO1 叶绿素合成中的分子基础。本研究中所获得的 OsCA01点突变水稻突变体为进一步研究 OsCAOI的功能提供了特异的材料。 参考文献 [1]Wu z,Zhang X,He B,et a1..A chlorophyll—deficient rice mutant with impaired chlorophyllide esterification in chlorophyll biosynthesis[J].Plant Physio1.,2007,145(1):29—44. 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